Covid-19 : l’analyse des génomes révélerait une origine double du virus

Nous nous sommes tous déjà un peu renseigné et avons appris beaucoup de choses sur le Covid-19, mais aussi et surtout énormément de rumeurs sur le virus responsable de la pandémie, le [SARS-CoV-2].

“Dans quelle espèce animale est-il apparu ? Une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce sauvage ? D’où vient-il ? D’une grotte ou d’une forêt de la province chinoise de Hubei ou bien d’ailleurs ?”

Santé Magazine nous donnes quelques explications !Le virus [SARS-CoV-2] responsable de la pandémie de Covid-19 fait l’objet de nombreuses analyses génétiques partout dans le monde afin de comprendre son origine et son évolution.

D’après une étude chinoise menée à l’hôpital de Wuhan, publiée dans le célèbre magazine the lancet, le tout premier cas humain identifié (patient zéro) n’a pas fréquenté le marché de la ville de Wuhan contrairement aux 27 des 41 premières personnes hospitalisées en décembre 2019 et que par conséquent, l’origine de l’épidémie n’est probablement pas liée à des contacts avec des animaux vivants ou morts présents sur ce marché.

Pour Santé Magazine et en accord avec cette hypothèse, “les datations moléculaires estimées à partir des séquences génomiques du SARS-CoV-2 indiquent plutôt une origine en novembre.
On est donc en droit de s’interroger sur le lien entre cette épidémie Covid-19 et la faune sauvage”.

Ce que dévoilent les données génomiques sur les Betacoronavirus.

Pour bien comprendre il va nous falloir faire un peu de science, pas évident à synthétiser, mais nous essayerons de faire le plus compréhensible possible et les plus férus se rapporteront aux articles sources.

Une étude publiée dans le magazine Narure, le 02 avril nous apprend que le génome du SARS-CoV-2 a été rapidement séquencé par les chercheurs chinois. Il s’agit d’une molécule d’ARN d’environ 30 000 bases contenant 15 gènes, dont le gène S qui code pour une protéine située à la surface de l’enveloppe virale (à titre de comparaison, notre génome est sous forme d’une double hélice d’ADN d’une taille d’environ 3 milliards de bases et il contient près de 30 000 gènes) ce sont les 74 acides aminés d’une région particulière de la protéine S qui permettent au virus d’entrer dans les cellules humaines pour les infecter.

Les analyses de génomique comparative ont montré que le SARS-CoV-2 (Covid-19) appartient au groupe des Betacoronavirus et qu’il est très proche du SARS-CoV, responsable d’une épidémie de pneumonie aiguë apparue en novembre 2002 dans la province chinoise de Guangdong qui s’est ensuite répandue dans 29 pays, dont la France en 2003.L’étude explique que les chauves-souris du genre Rhinolophus (potentiellement plusieurs espèces cavernicoles) étaient le réservoir de ce virus (SARS-CoV),

et qu’un petit carnivore, la civette palmiste (Paguma larvata), a pu servir d’hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les premiers cas humains.

Depuis, de nombreux Betacoronavirus ont été découverts, principalement chez les chauves-souris, mais aussi chez l’homme.

C’est ainsi que le virus RaTG13, isolé à partir d’une chauve-souris de l’espèce Rhinolophus affinis collectée dans la province chinoise du Yunan, a récemment été décrit comme très proche du SARS-CoV-2, les séquences de leur génome étant identiques à 96 %.
Ces résultats indiquent que les chauves-souris, et en particulier les espèces du genre Rhinolophus, constituent le réservoir des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2.

Qu’est ce qu’un réservoir ?

Un réservoir se compose d’une ou de plusieurs espèces animales peu ou pas sensibles au virus, et qui de ce fait vont naturellement héberger un ou plusieurs virus et peuvent le transmettre à d’autres espèces comme les humains, les chameaux et les lapins…
L’absence de symptôme de la maladie chez les espèces composant le réservoir s’explique par l’efficacité de leur système immunitaire, lequel leur permet de lutter contre une trop grande prolifération virale.

Et chez le Pangolin ?

Le 7 février 2020, nous apprenions par le magazine Science et Avenir, qu’un virus encore plus proche du SARS-CoV-2 avait été découvert chez le pangolin. Avec 99 % d’identité annoncé, cela en faisait un réservoir plus probable encore que les chauves-souris.

Santé Magazine nous explique qu’ Une étude plus récente, est actuellement en cours d’expertise et que celle-ci suggère une situation bien plus complexe. En clair le génome du coronavirus isolé chez le pangolin malais (Manis javanica) ne serait globalement pas si proche du SARS-Cov-2, ne présentant seulement qu 90 % d’identité.
Il n’est donc pas responsable de l’épidémie qui sévit actuellement.

Néanmoins cette étude démontre en que si on compare les 74 acides aminés d’une région particulière de la protéine S, le virus isolé chez le pangolin présente bien 99 % d’identité avec le SARS-Cov-2 alors que le virus isolé chez la chauve-souris R. affinis est quant à lui très divergent (77 %).En clair, le coronavirus isolé chez le pangolin est capable d’entrer dans les cellules humaines alors que le RaTG13 isolé chez la chauve-souris R. affinis ne l’est pas.

Cela suggère que le virus SARS-Cov-2 est issu d’une recombinaison entre deux virus différents, l’un proche du RaTG13 de la chauve-souris et l’autre plus proche de celui du pangolin.

En d’autres termes, il s’agit d’une chimère entre deux virus préexistants.

Santé Magazine précise que ce mécanisme de recombinaison avait déjà été décrit chez les coronavirus, notamment pour expliquer l’origine du SARS-Cov de 2003.

Ce qui est important de savoir, c’est qu’une recombinaison aboutit à un nouveau virus potentiellement capable d’infecter une nouvelle espèce hôte.
Pour qu’une recombinaison se produise, il faut que les deux virus divergents aient infecté le même organisme simultanément.

Deux questions restent en suspens : dans quel organisme a eu lieu cette recombinaison ? (une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce ?) Et surtout dans quelles conditions a eu lieu cette recombinaison ?

Sources: Santé Magazine republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons.
Nature.com : A new coronavirus associated with human respiratory disease in China
The Lancet : Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China
BioRxiv : Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins
Science et Avenir : le pangolin, chaînon manquant potentiel dans l’épidémie

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